虽然驯化的金鱼在形态上表现出高度多样化，但我们对它们的表型遗传基础却知之甚少。日本大阪大学的崑哲夫等研究人员通过对异源四倍体金鱼基因组转座因子的分析发现，自金鱼和鲤鱼祖先全基因组重复事件发生以来，金鱼的两个亚基因组发生了不对称进化。

　　研究人员对27种驯养和野生金鱼进行全基因组测序，鉴定出6000多万种基因变异，并建立了主要金鱼品种的种群遗传结构。全基因组关联研究和品系特异性变异分析，揭示了与背鳍丢失、长尾巴、伸缩眼、白化病和心形尾巴等几种表型相关的基因位点。研究结果表明，在金鱼驯化历史中，不对称进化亚基因组的累积突变导致了不同表型的产生。